суперкомпьютерный семинар
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности
Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности

Программа семинара
10 октября 2016 г., 16:30

1. 16:30-17:15

Пантелеев М.А., Лущекина С.В., Нечипуренко Д.Ю., Беляев А.В., Свешникова А.Н., Атауллаханов Ф.И.

МГУ им. М.В. Ломоносова
ЦТП ФХФ РАН
ФНКЦ ДГОИ им. Рогачева
МФТИ
ИБХФ им. Эмануэля РАН

Гемостаз и тромбоз: молекулярные механизмы, диагностика, разработка инновационных препаратов

Компьютерное моделирование играет важнейшую роль в современных исследованиях и разработках, связанных с образованием тромбов, — внутрисосудистых сгустков фибрина и клеточных агрегатов, являющихся ведущей прициной смертности и инвалидности [1]. В работе нашего коллектива есть три типа компьютерных задач, для решения которых требуются высокопроизводительные вычисления: а) молекулярная динамика и докинг белков свертывания с целью разработки новых препаратов [2-3], б) трехмерное моделирование формирования артериальных тромбов [4], в) стохастическая внутриклеточная сигнализация в тромбоцитах [5]. Мы рассмотрим здесь биологические и медицинские проблемы, которые приводят к этим направлениям, физические постановки задач, пути к их компьютерной реализации и полученные в ряде случаев результаты.

Ссылки по теме работы:

1. Shibeko AM, Panteleev MA. Untangling the complexity of blood coagulation network: use of computational modelling in pharmacology and diagnostics. Brief Bioinform. 2016 May;17(3):429-39.
2. Kolyadko VN, Lushchekina SV, Vuimo TA, Surov SS, Ovsepyan RA, Korneeva VA, Vorobiev II, Orlova NA, Minakhin L, Kuznedelov K, Severinov KV, Ataullakhanov FI, Panteleev MA. New Infestin-4 Mutants with Increased Selectivity against Factor XIIa. PLoS One. 2015 Dec 15;10(12):e0144940.
3. Korneeva VA, Trubetskov MM, Korshunova AV, Lushchekina SV, Kolyadko VN, Sergienko OV, Lunin VG, Panteleev MA, Ataullakhanov FI. Interactions outside the proteinase-binding loop contribute significantly to the inhibition of activated coagulation factor XII by its canonical inhibitor from corn. J Biol Chem. 2014 May 16;289(20):14109-20.
4. Belyaev AV, Panteleev MA, Ataullakhanov FI. Threshold of microvascular occlusion: injury size defines the thrombosis scenario. Biophys J. 2015 Jul 21;109(2):450-6.
5. Sveshnikova AN, Ataullakhanov FI, Panteleev MA. Compartmentalized calcium signaling triggers subpopulation formation upon platelet activation through PAR1. Mol Biosyst. 2015 Apr;11(4):1052-60.


2. 17:15-18:00

Информация уточняется


24 октября 2016 г., 16:30

1. 16:30-17:15

Информация уточняется

2. 17:15-18:00

Ольховская О.Г., к.ф.-м.н., с.н.с., ИПМ им. М. В. Келдыша РАН

Моделирование на суперкомпьютерах высокотемпературной импульсной плазмы

Управляемый термоядерный синтез и плазменные технологии, физические процессы в космосе и источники мощных ионизирующих излучений – эти и многие другие разделы физики и техники развиваются на основе исследований импульсной плазмы с высокой плотностью энергии. Для сопровождения экспериментов с плазмой, обладающей экстремально высокими значениями температуры или плотности (оптимизация, прогноз, анализ данных) необходимо создавать коды, ориентированные на высокопроизводительные вычисления.

Проект разработки такого исследовательского кода MARPLE стартовал около десяти лет назад в ИММ РАН и в настоящее время продолжается в ИПМ им. М. В. Келдыша РАН. Основу кода составляет модель динамики плазмы как диссипативной среды, в которой существенны процессы теплопроводности, обмена энергией между компонентами и лучистый энергоперенос. Вычислительное ядро кода, а также средства пред- и постобработки данных работают в общей вычислительной среде с развитой инфраструктурой и адаптированной к параллельным вычислениям унифицированной системой данных, аналогичной применяемым в индустриальных конечно-элементных кодах. При создании кода используется объектно-ориентированный подход к проектированию ПО, приемы объектного и обобщенного программирования (язык реализации С++). Код используется для решения задач импульсной энергетики и в ряде смежных областей.